Η ΕΕ υποστηρίζει το έργο των δικοινοτικών ελληνοκυπριακών και τουρκοκυπριακών επιστημονικών ομάδων που συμμετέχουν σε όλα τα στάδια των εργασιών της Διερευνητικής Επιτροπής Αγνοουμένων στην Κύπρο (CMP). Οι δραστηριότητες αυτές ενισχύουν τη
συνεργασία μεταξύ των κυπριακών κοινοτήτων, παρέχοντας παράλληλα ανακούφιση στις οικογένειες των αγνοουμένων ως κρίσιμη πτυχή των συνολικών προσπαθειών για συμφιλίωση στη νήσο.
Μέσω του προγράμματος βοήθειας της ΕΕ για την τουρκοκυπριακή κοινότητα, η τακτική χρηματοδοτική βοήθεια της ΕΕ συμβάλλει στις προσπάθειες της CMP για την ανάκτηση, ταυτοποίηση και επιστροφή των λειψάνων των αγνοουμένων στις οικογένειές τους. Από το
2006, η ΕΕ είναι ο μεγαλύτερος χορηγός χρηματοδοτικής βοήθειας προς τη CMP, η οποία ανέρχεται σε σχεδόν 38,5 εκατ. EUR, συμβάλλοντας στην ταυτοποίηση των λειψάνων 1 051 ατόμων από έναν κατάλογο 2 002 αγνοουμένων, που συμφωνήθηκε από τις δύο κοινότητες το 2006.
Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο των Δικαιωμάτων του Ανθρώπου έχει αποφανθεί ότι οι τουρκικές αρχές δεν διεξήγαγαν αποτελεσματικές έρευνες με στόχο τον εντοπισμό και τον προσδιορισμό της τύχης των αγνοούμενων Ελληνοκυπρίων, οι οποίοι εξαφανίστηκαν υπό συνθήκες επικίνδυνες για τη ζωή τους.
Η ΕΕ παραμένει πλήρως προσηλωμένη στη συνολική διευθέτηση του Κυπριακού, στο πλαίσιο του ΟΗΕ, σύμφωνα με τις σχετικές αποφάσεις του Συμβουλίου Ασφαλείας των Ηνωμένων Εθνών και τηρουμένων των αρχών στις οποίες εδράζεται η ΕΕ, καθώς και του ενωσιακού κεκτημένου.
Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο των Δικαιωμάτων του Ανθρώπου έχει αποφανθεί ότι οι τουρκικές αρχές δεν διεξήγαγαν αποτελεσματικές έρευνες με στόχο τον εντοπισμό των αγνοούμενων Ελληνοκυπρίων
